Résumé

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Le développement du microbiote intestinal est influencé par le mode d'accouchement, le régime alimentaire, le mode de vie et les paramètres environnementaux tels que la proximité des animaux. Ces paramètres ont un impact sur la composition du microbiote intestinal et ont été associés à des effets protecteurs contre les allergies ("hypothèse du microbiote"). La composition du microbiote et le régime alimentaire sont également liés à la formation d'acides gras à chaîne courte (AGCC). L'acétate, le propionate et le butyrate sont les principaux AGCC formés par les microbes intestinaux. Il a été démontré qu'ils ont des propriétés anti-inflammatoires et qu'ils peuvent induire la production d'IgA par les cellules B des muqueuses. Nous émettons l'hypothèse que la colonisation par les producteurs de butyrate est un facteur déterminant dans le développement des maladies allergiques, et que les spores sont une source de transmission à l'intestin du nourrisson.

Pour tester notre hypothèse, nous utiliserons des échantillons fécaux provenant de l'étude de la cohorte de naissance de Saint-Gall (étude CARE -Childhood AlleRgy, nutrition and Environment) et suivrons l'évolution naturelle des maladies atopiques en recueillant dès la naissance, de manière prospective, les données cliniques et biologiques des enfants (n=100). Des échantillons fécaux d'enfants sains et d'enfants diagnostiqués avec une dermatite atopique (estimation n=20) au cours des deux premières années de vie, prélevés 3, 6, 12 et 24 mois après la naissance, seront analysés. Les données obtenues seront mises en relation avec les profils SCFA fécaux des nourrissons, le régime alimentaire et les paramètres environnementaux.

Cette étude, prévue pour une durée d'un an, contribuera à la compréhension du développement du microbiote intestinal et de son lien avec les maladies allergiques de l'enfance. Les résultats obtenus ici pourraient conduire à une approche thérapeutique impliquant les microbiobes intestinaux producteurs de butyrate.

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Mise à jour des projets

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Collecte d'échantillons

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Collecte d'échantillons fécaux de 30 nourrissons en bonne santé et de 18 nourrissons chez qui on a diagnostiqué une dermatite atopique. Les échantillons ont été prélevés à trois reprises, à 3, 6 et 12 mois.

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Test de méthodologie

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Évaluation en cours de la méthodologie testant différents milieux de culture microbienne avec comme résultat l'utilisation du YCFA modifié car nous avons obtenu le maximum de NPP en utilisant ce milieu dans les expériences préliminaires. L'analyse est en cours, le NPP d'environ 50 % des échantillons a été déterminé. L'isolement de l'ADN et la détermination des acides gras saturés formés dans les échantillons MPN sont en cours. En ce qui concerne la tâche 2 ("Déterminer les concentrations fécales de SCFA"), les concentrations fécales de SCFA de 145 échantillons ont été déterminées, nous sommes en train d'analyser les données.

Nous analysons également les AGCS formés lors de l'analyse des NPP afin d'établir une relation entre l'activité de fermentation microbienne et la composition du microbiote des échantillons (voir tâche 1). En ce qui concerne la tâche 3 ("Déterminer la composition du gène de l'ARNr 16S du microbiote fécal et des spores"), des bibliothèques de gènes de l'ARNr 16S de 80 échantillons fécaux ont été générées et séquencées, l'analyse des données est actuellement en cours.

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