Résumé

Le microbiote intestinal, qui s'établit progressivement au cours des premières années de la vie, participe à la maturation des fonctions physiologiques. L'établissement précoce du microbiote intestinal serait un facteur important pour la santé du nourrisson et du futur adulte. Dans ce contexte, nous proposons d'identifier des signatures précoces du microbiote intestinal ou des profils de microbiote prédictifs chez les enfants de l'apparition du surpoids et de l'obésité.  

L'objectif du projet actuel est d'analyser le microbiote fécal collecté à l'âge de 3,5 ans de 400 enfants, 200 à terme et 200 prématurés, en utilisant la même technique. Notre équipe réalisera l'extraction de l'ADN fécal total en utilisant la méthode MetaHit, l'amplification des régions variables de l'ADNr 16S (V3-V4), et l'analyse des données de séquences obtenues sur la plateforme Illumina (Miseq).  

La diversité et la composition phylogénétique du microbiote à l'âge de 3,5 ans seront caractérisées. Les groupes bactériens spécifiques qui définissent le mieux le microbiote à 3,5 ans et leur relation avec le surpoids seront recherchés. Les profils du microbiote seront comparés entre les enfants nés à terme et ceux nés avant terme afin de déterminer l'impact de la prématurité sur l'établissement du microbiote à long terme et ses implications cliniques.  

Cette étude apportera des réponses nouvelles et précises sur la programmation en début de vie, en identifiant des facteurs de risque précoces et/ou des biomarqueurs au sein du microbiote pour le développement de l'obésité dans deux populations d'enfants présentant diverses conditions de vie précoces liées à des naissances prématurées ou à terme. Ces résultats innovants permettraient de développer des approches préventives précoces basées sur des modifications ciblées du microbiote chez les nourrissons.


Project Updates

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Élément livrable 1 : collecte de l'échantillon : Deux cents nourrissons parmi les 618 nourrissons collectés dans la cohorte ELFE ont été sélectionnés au hasard en janvier. Le transfert des échantillons au laboratoire a été effectué. Les extractions et amplifications d'ADN doivent être effectuées et envoyées à une plateforme externe pour le séquençage d'ici la fin du mois d'avril.

Le livrable 2 consiste à analyser la composition du microbiote intestinal à l'aide de la métagénomique 16S.  

L'ADN total a été extrait de tous les échantillons fécaux de la cohorte EPIPAGE 2 et de 190 des 200 échantillons fécaux de la cohorte ELFE. La concentration et l'intégrité de l'ADN seront déterminées par spectrophotométrie à l'aide d'un Nanodrop. Tous les extraits d'ADN fécal ont été amplifiés par PCR en utilisant des amorces bactériennes universelles pour amplifier les régions variables V3-V4 du gène de l'ARNr 16S.

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